Прежде всего, для установки операционной системы Linux необходимо произвести разметку диска установки. Разметка диска для Linux подробно описана на тематических сайтах, посвященных данной операционной системе. Зачастую благодаря работе энтузиастов создаются труды и руководства по работе с Linux. Согласно руководствам по данной операционной системе для Linux существует несколько типов файловых систем. Файловая система - это раздел жесткого диска, в котором хранятся данные о месторасположении различных кусков файлов. В операционной системе Windows - это FAT32 и NTFS, а в Linux файловые системы ext2, ext4, ReiserFS, Reiser4, Tmpfs. Наиболее популярными в операционной системе Linux являются первые две. Главным недостатком ext2 является отсутствие какого-либо журналирования. Данный недостаток с лихвой компенсируется более быстрой работы и она часто применяется для загрузочного раздела жесткого диска.
Файловая система ext4 имеет журналирование. Как правило, она для загрузочного сектора не применяется, а используется для хранения информации о размещенных на жестком диске файлах и каталогах. Файловая система ReiserFS менее популярна чем предыдущая, так как отличается меньшей стабильностью, хотя и гораздо шустрее трудится при обмене файлами небольших размеров. Улучшенной версией данной файловой системы является Reiser4, но ее можно применять только при отказе от файла подкачки на данном жестком диске.