В конце января в «Рубине» едва не произошел скандал, по некоторым данным, Бердыев поругался с президентом клуба Дмитрием Самаренкиным, за-за того, что якобы тренер сам захотел решать, кого покупать в команду, однако его начальник был с этим не согласен. Некоторое время спустя обе стороны опровергли слухи об этом конфликте. Эксперт сообщил – «Не думаю, что в "Рубине" все улеглось. Скорее чуть-чуть погасили страсти. По моей информации, итоговая встреча тренера и президента с главой республики Татарстан, которая была запланирована после совета директоров клуба, так и не состоялась. Бердыев уехал на сбор без, что называется, последнего слова самого главного руководителя. Ситуация остается подвешенной»

Евгений Ловчев, бывший футболист «Спартака» и сборной СССР думает, что Бердыеву пора перестать думать, что в клубе все решает исключительно он, но при этом туркменский специалист заслуживает уважения за вклад в успехи казанского клуба.