Основной проблемой при переходе на Vista сейчас для пользователей может стать отсутствие совместимости с частными виртуальными сетями и антивирусными программами. Наиболее популярные приложения этих категорий и множество других программ, широко использующихся в корпоратвиной среде, не будут поддерживать Vista, пока не выйдет ее пользовательская версия 30 января 2007 года.
В числе приложений, несовместимых с Windows Vista, значатся электронная почта Lotus Notes, VPN-клиенты Cisco Systems и Check Point, бухгалтерская программа QuickBooks 2006 и ее более ранние версии, а также антивирусное ПО от TrendMicro. Lotus Notes, в частности, начнет поддержвать Vista к середине будущего года, а сеть VPN от Cisco - в первом квартале 2007 г. Поддержкой новой операционой ситемы пока не могут похвастать и ряд собственных продуктов Microsoft, например, платформа для создания баз данных SQL Server 2005.