Причина кроется в том, что самые красивые сайты с анимацией и прочими вещами создаются с помощью Flash технологий, которые не подлежат индексации поисковыми системами и, тем самым, данные сайты либо не представлены в их индексе, либо представлены лишь ограниченным числом страниц. На этом сайте перечислены самые красивые сайты Интернета - http://vachevskiy.ru/samye-krasivye-sajty-mira/. Вы можете заметить, что большинство из них как раз и использует Flash технологию. Сайты которые имеют неплохую посещаемость врятли получают трафик от поисковых систем - источники их посетителей это прямая реклама в контекстных системах, банерных системах, на других сайтах. Также могут переходить на данные сайты по закладкам. Следует понимать, что постепенно данные сайты по мере развития могут начать открываться для поисковых систем за счет более широкого внедрения HTML разметки. Но это только в том случае, если сайту есть чем похвастаться перед поисковыми системами.
Ведь не для всех сайтов необходима открытость перед поисковыми системами. Закрытый формат развития имеет свои преимущества. Можно размещать дублированный, неуникальный интересный материал и тем самым сформировать свою постоянную аудиторию. К примеру, посвяти сайт последней "украинской" тематике и свою постоянную аудиторию до стихания напряженности вокруг конфликта вы получите. Аналогично могут поступать различные закрытые общества, которые созданы для узкого круга лиц. Полуоткрытость данных сайтов для поисковых систем позволяет выкладывать лишь ту информацию, которую можно открыть для общества, а остальная информация закодированная в Flash формат не будет представлять для них ценности.