Капитан Шеппард находится под арестом в Ванкувере по обвинению в связи с экстремистской организацией «Цербер». Эти всечеловеческие расисты настаивают на исключительной роли человечества среди множества галактических рас. Совет альянса узнает о приближении к Земле древней расы Жнецов, целью которых является уничтожение всего живого и разумного во вселенной.
Они появляются с периодичностью в пятьдесят тысяч лет, принося всем разумным цивилизациям гибель. Это гигантские существа, передвигающиеся в пространстве со сверхсветовой скоростью, практически неуязвимые – уничтожить их можно только совокупным огнем как минимум трех межзвездных дредноутов.
В то время как Жнецы вторгаются в Солнечную систему и на Землю, капитан Шепард покидает родную планету, отправляясь за помощью. Сделав остановку на Марсе, он находит чертежи древнего оружия расы протеан, когда-то уничтоженных Жнецами. На тайной базе организации «Цербер» ему удается обнаружить дополнительную информацию о функционировании этого оружия, «Горна», предназначенного для уничтожения Жнецов.
Ему становится ясно, что для того, что бы задействовать «Горн» требуется таинственный Катализатор. Этим катализатором является Цитадель, гигантская космическая станция, которую сделали своей столицей протеане, не догадываясь о ее основном назначении – ретранслятора для переправки Жнецов в наше пространство из межгалактической пустоты. Жнецы, получив информацию о деятельности Шепарда, перемещают Цитадель на орбиту Земли, где сосредоточены их основные силы.
Шепард, собрав огромные силы союзных галактических рас и Альянса, понеся значительные потери, захватывает Цитадель. Соединив Цитадель с Горном, он теряет сознание. Очнувшись, он встречает Катализатора, оказавшегося одним из самых древних существ во Вселенной. Катализатор объясняет ему, что сотворил Жнецов для уничтожения цивилизаций, вплотную подошедших к созданию Искусственного Интеллекта, грозящего выйти из под контроля и погубить всю органическую жизнь во вселенной.
Во избежание этого и были созданы циклы зарождения и гибели цивилизаций каждые пятьдесят тысяч лет. Катализатор объясняет Шепарду, что задействовав Горн, он погубит всю искусственную жизнь во вселенной. Основной особенностью игры является эффект массы, позволяющий так называемым биотикам усилием мысли значительно изменять массу материи, и связанные с этим явления телекинеза и стазиса.
Действие Infiltrator протекает параллельно действию третьего эпизода. Пока Шепард сражается с Жнецами, оперативник «Цербера» Ренделл Езно обеспечивает безопасность секретной базы, где проводятся жестокие эксперименты на представителях нечеловеческих рас. Когда они заходят слишком далеко, Эзно освобождает чужих и бежит с ними с базы «Цербера», поклявшись уничтожить эту организацию.
