Геймпады, так называемые контроллеры Joy-Con, подключаются к основному блоку, чтобы выступать в качестве традиционного геймпада (в стиле контроллеров N64) для игры в домашних условиях. Также они могут быть использованы в качестве отдельных контроллеров движения. Система отслеживания движения Joy-Con способен различать движения руками «камень, ножницы и бумага». Они также имеют систему HD Rumble, которая как утверждает Nintendo, позволяет игрокам почувствовать некоторые простые ощущения, к примеру, как падают кубики льда в стакан или как судно заполняется водой.