Как отмечают разработчики E-M1 Mark II, по сравнению с предшественницей в новой модели полностью переработана система автофокуса, которая отличается более высокой скоростью и точностью. Камера включает два четырёхъядерных процессора, один из которых выделен для системы автофокуса. Что касается возможностей видеосъёмки, то E-M1 Mark II сможет снимать в формате Cinema 4K с битрейтом до 236 Мбит/с.

Среди других особенностей можно выделить более ёмкую батарею с функцией быстрой зарядки, два слота для карт памяти SD UHS-II, режим Pro Capture. Olympus позиционирует свою новинку как компактную альтернативу более крупным DSLR-камерам.