Общий дизайн MSI Z490-A Pro был обновлен, черные радиаторы, встроенные RGB-светодиоды. Плата начинает список представленных материнских плат компании MSI нового чипсета Z490.

MSI Z490-A Pro имеет 12 фаз питания. Два полноразмерных слота PCIe 3.0 x16 и два PCIe 3.0 x4 для M.2 накопителей, шесть разъемов SATA. 4 слота оперативной памяти DDR4 с поддержкой до 128 Гб.

Задняя панель не богата разъемами, тут есть: USB 3.2 G2 Type-C, два USB 3.2 G1 Type-A и два USB 2.0. LAN-порт Ethernet Realtek RTL8125B, DisplayPort и HDMI, пять 3,5-мм аудиоразъемов и оптический выход S/PDIF, аудиокодек Realtek ALC1200 HD, комбинированный порт PS/2.